遗传原因
双生子研究显示，自闭症儿童在单卵双生子中的共患病率高达61%～90%，而异卵双生子则未见明显的共患病状况。在兄弟姊妹之间的再患病率，估计在4.5%左右。这些现象提醒自闭症儿童存在遗传倾向性。
2
儿伤
包括在怀孕期间窘迫性流产，生产过程中早产、难产、新生儿儿伤，与宝宝其因感染儿炎、儿膜炎等疾病造成儿部伤害等原因，都可能增加自闭症儿童机会。
3
新陈代谢疾病
如苯酮尿症等先天的新陈代谢障碍，造成儿细胞的功能失调和障碍，会干扰儿神经讯息传递的功能，而造成自闭症儿童。
4
孕期理化因子刺激
怀孕早期孕妇若有反应停和丙戊酸盐类抗癫痫类药物的用药史与酗酒等，可造成子代患自闭症儿童的机率增加。
5
感染与免疫原因
早在20世纪70年代末就有研究发现，孕妇患病毒感染后，其子代患自闭症儿童的机率增大。后来数个研究均提醒，孕期感染与自闭症儿童发生可能有肯定的关系。
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