自闭症儿童的病因不清楚，其发病率非常高每59个孩子就有一个。可能与下列原因有关系
1，生物遗传原因
自闭症儿童的发病与130多个基因有关而且分布于十多条染色体上。存在着明显的家庭聚集现象，单卵双生和双卵双生中的发病率差别非常大，单卵双生发病率更高。
2，大脑神经功能障碍是自闭症儿童发病是什么原因之一大脑结构的异常在影像学上可以查到证据。
3，神经生物化学的改变，神经生物化学研究发现神经递质出现了异常。
4，围生期的异常。妈妈生育年龄比较大，出生时体重轻，早产，怀孕时感染，怀孕时出现严峻的妊娠反应，宫内缺氧等
5，感染或者是免疫功能缺点。某些病毒感染可能诱发自闭症儿童。
6，金属代谢异常。一个是重金属的中毒，第二个是微量元素的缺少。
7，环境原因
8，神经心里原因。有专家觉得自闭症儿童存在认知障碍，不可以理解表达心理状况的词语的语义，存在交流缺点。不可以理解心理状况怎么样影响行为，所以存在社交缺点。
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